공장은 소규모 자영업과 달리 설비, 토지, 환경 인허가, 직원, 폐기물 등 다양한 요소가 얽혀 있는 사업 형태입니다. 따라서 공장을 폐업할 때는 단순히 ‘사업자등록 폐업신고’만으로 끝나지 않으며, 업종에 따라 지자체 신고, 관련 법에 따른 허가 해지, 인력 정리, 환경 관련 서류 보고, 기계 매각 또는 철거 절차까지 모두 챙겨야 합니다. 특히 2025년 기준으로는 산업단지 입주 공장, 개별공장, 임대공장에 따라 절차와 책임 범위가 다르기 때문에, 정확하고 체계적인 진행이 필요합니다.
이 글에서는 제조업, 식품가공업, 금속가공업, 화학공장 등 주요 업종별 공장 폐업 시 절차를 정리하고, 실제 사례를 통해 실무적인 정보를 제공합니다. 공장을 정리해야 하는 대표님이나 실무자라면 이 가이드를 꼭 참고하세요
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공통 폐업 절차 – 사업자 등록 말소만으로 끝나지 않는다
모든 업종의 공장은 기본적으로 국세청에 사업자 등록을 폐업 신고해야 합니다. 하지만 이것은 시작일 뿐, 공장이 갖고 있는 건물, 토지, 기계장치, 종업원, 환경 허가, 전기사용 계약 등은 별도로 정리해야 합니다. 산업단지 내 입주공장인지, 개별 필지 공장인지, 임대 공장인지에 따라 행정 절차도 달라집니다.
공장 공통 폐업 절차 요약
- 사업자등록 폐업신고
- 홈택스 또는 관할 세무서 방문
- 부가가치세 및 법인세 정산 필요
- 지자체 공장등록 말소 신청
- 공장등록증 제출, 말소신청서 작성 (산업집적법 적용)
- 산단 입주기업은 산단공에도 별도 신고
- 근로자 해고 및 4대보험 정리
- 고용보험 해지, 퇴직금 정산, 퇴직 신고
- 폐기물 처리 및 오염도 정리
- 배출시설 철거, 폐수·폐기물 신고 정리
- 환경오염 유발 업종은 한국환경공단 보고 의무 있음
- 공장 내 기계류, 고정자산 매각 또는 철거
- 중고매각 또는 고철 업체와 계약
- 전력, 수도, 통신 등 계약 해지
- 한국전력, 통신사, 수도사업소 해지 요청
특히 공장등록 말소 신고를 하지 않으면, 산업용 전기요금이 계속 부과되거나 불법건축물로 간주될 수 있습니다.
사례
경기 화성에서 자동차 부품 공장을 운영하던 김성도 씨는 폐업 신고만 하고 공장등록을 말소하지 않아 산업단지 관리기관으로부터 위약금 부과와 고지서 누적 문제를 겪었습니다. 이후 지자체 공장등록 말소와 산업단지 협의회에 별도 신고 후 해결됐습니다.
업종별 폐업 주의사항 – 식품, 화학, 금속가공 업종별 체크포인트
공장 폐업 시 업종별로 관리 기관과 법적 책임이 다릅니다. 특히 식품, 화학, 금속, 섬유, 목재 등 특정 업종은 전문 인허가와 환경영향이 크기 때문에, 관련 법에 따라 폐업 절차를 진행해야 합니다.
식품가공업 (예: 제과공장, 음료제조)
- 식품의약품안전처 등록 말소 필수
- 제조시설, 저장소 철거 시 위생신고 반납
- 창고의 원재료는 유통기한 확인 후 별도 폐기
화학공장 (예: 세척제, 도료, 접착제)
- 위해물질 보관시설 철거신고
- 폐화학물질은 지정 폐기물로 분류해 위탁 처리
- 오염 토양 확인 의무 가능 (토양환경보전법)
금속가공업 (예: 절단, 용접, 프레스)
- 대기오염물질 배출시설 해지신고
- 공작기계 매각 시 사업자간 계약서 필수
- 소음 및 분진 문제 발생 지역은 주민 민원 방지 조치 필요
사례
충북 음성에서 세척제 제조업을 운영하던 장기호 씨는 공장 철거 후에도 공장부지에서 환경검출 수치가 높아 한국환경공단 조사를 받았고, 오염 정화 비용 약 1,200만 원을 추가 지불했습니다. 전문가를 통해 환경정리까지 계약했다면 방지할 수 있는 사례였습니다.
공장 자산 정리 전략 – 기계류·토지·창고, 처분도 절차가 있다
공장 폐업 후에도 남는 가장 큰 자산은 기계설비, 토지, 창고, 컨테이너, 창고 재고물품 등입니다. 이들을 효과적으로 정리하려면 단순 처분이 아니라 세금, 감가상각, 매각 시 계약서 작성, 부가세 처리 등을 고려해야 합니다.
기계류 및 고정자산 정리 방법
- 자산 매각 시 세금계산서 발행 필수 (사업자 간 거래)
- 고철로 매각 시 고물상 신고 업체와 계약 후 폐기물 신고 포함
- 법인 공장의 경우 감가상각 처리 후 남은 잔존가치 기준으로 매각
토지 및 건물 정리
- 소유자일 경우 부동산 매각 계약 체결 (중개사 통한 실거래 등록)
- 임차일 경우 원상복구 조항 확인 후 임대인과 보증금 정산
- 창고 및 컨테이너는 분리설치 여부에 따라 철거 유무 결정
사례
인천 남동공단의 전자부품 제조업체 대표 이현진 씨는 공장 폐업 후 기계를 중고업체에 1,800만 원에 일괄 판매하며, 전자세금계산서를 발행해 잔여 부가세 납부까지 마무리했습니다. 미신고 시 과세 누락으로 10% 이상 추징될 수 있었던 상황이었습니다.
근로자 및 법적 처리까지 마무리해야 완전한 폐업
공장 폐업 시 가장 민감한 부분이 바로 직원 처리, 체불 문제, 퇴직금 정산입니다. 2025년 기준, 근로기준법 강화와 고용노동부 모니터링 시스템으로 인해 퇴직금이나 4대보험 정리를 놓치면 행정처분 및 형사고발까지 이어질 수 있습니다.
근로자 정리 절차
- 최소 30일 전 서면 예고 (근로기준법상 의무)
- 퇴직금 산정 및 지급 (근속 1년 이상 대상)
- 고용센터에 사업장 폐업 신고 및 고용보험 종료
- 실업급여 대상자 확인 후 ‘이직확인서’ 제출
법인 사업체는 등기부상 폐업 절차도 병행해야 하며, 법인해산 및 청산 절차가 일반 폐업보다 복잡하므로 법무사 또는 세무사의 도움을 받는 것이 좋습니다.
사례
대구에서 섬유염색 공장을 운영하던 박형수 대표는 폐업을 3개월 전 직원들에게 고지하고, 퇴직금을 미리 적립해둔 덕분에 체불 문제 없이 깔끔하게 폐업을 마무리할 수 있었습니다. 그는 “가장 먼저 직원 정리를 고민하라”는 말을 후배들에게 늘 강조하고 있습니다.
마무리하며
공장 폐업은 일반 자영업보다 훨씬 복잡하고, 법적 책임도 더 큽니다. 세금 정산, 환경 영향, 기계류 매각, 공장등록 말소, 직원 해고, 고용보험 종료까지 하나도 빠뜨리지 않고 관리해야 완전한 폐업이 됩니다. 업종별로 요구되는 별도 절차가 존재하기 때문에, 전문기관이나 컨설팅 도움을 받는 것도 좋은 방법입니다.
세무서 폐업신고는 첫 단계일 뿐
업종에 따른 인허가 해지, 환경 신고 병행
공장등록 말소는 필수, 산단입주 공장은 별도 신고
자산 매각, 직원 처리, 계약 정리까지 단계별 체크
폐업을 제대로 정리해야, 다시 시작할 수 있습니다.
공장은 무겁지만, 깔끔하게 끝내면 새로운 길이 가볍습니다.
2025년 기준 최신 절차를 따르고, 실수 없이 폐업을 마무리하세요.