2025년에도 소상공인의 폐업은 여전히 많은 이슈를 동반하고 있다. 그중 가장 혼란스러운 부분이 바로 "부가세 신고 후 폐업해도 문제가 없을까?"라는 질문이다. 결론부터 말하면, 부가세 신고와 폐업은 별개의 절차이며 신고를 마쳤다고 해서 모든 세무 리스크에서 자유로운 것은 아니다. 오히려 부가세를 신고한 시점과 폐업 시점이 어긋나거나, 신고 항목에 누락이 있을 경우 예상치 못한 불이익이 뒤따를 수 있다.
이 글에서는 부가가치세 신고 후 폐업 시 발생할 수 있는 불이익을 실제 사례와 함께 구체적으로 설명하고, 2025년 세법 기준에 따른 대응법까지 정리해 본다.
부가세 신고와 폐업 신고는 별개 절차다
부가가치세 신고는 통상적으로 연 2회(1월, 7월)에 정기적으로 진행된다. 반면 폐업 신고는 영업을 종료하는 시점에 개별적으로 처리하는 것이므로, 두 행위의 타이밍이 일치하지 않을 수 있다.
부가세를 신고했다고 해서 자동으로 폐업이 처리되는 것이 아니며, 부가세 신고는 납세 의무의 일부일 뿐, 사업자의 지위를 종료하는 행정절차는 반드시 사업자등록증 말소 신고를 별도로 해야 한다.
실제 문제 사례
서울 강서구에서 음식점을 운영하던 A 씨는 2025년 1월에 2기 부가세 신고를 마치고 매출이 급감해 2월 말에 영업을 중단했다. 그는 "이미 부가세 신고도 끝냈고 세금도 다 냈으니 이대로 가게만 닫으면 되겠지"라고 생각했다. 그러나 7월에 2025년 1기 부가세 신고 안내서가 날아왔다. 사업자등록 말소 처리를 하지 않았기 때문이다. 결국 A씨는 다시 부가세 신고를 해야 했고, 무신고 가산세까지 부과되었다.
부가세 신고 후 폐업할 때 발생하는 주요 불이익
1. 사업자등록 말소 누락 시 지속적인 세금 신고 의무 발생
가장 흔한 실수다. 부가세 신고를 마쳤다고 해서 폐업 처리가 되는 것은 아니다. 사업자등록이 살아 있는 한, 국세청은 해당 사업자가 정상 영업 중인 것으로 간주한다. 이 경우 이후에도 부가세 신고 의무가 계속 발생하고, 이를 누락하면 무신고 가산세까지 더해진다.
2025년 기준 무신고 가산세
- 일반 무신고: 납부세액의 20%
- 고의 또는 중대한 과실이 있는 경우: 최대 40%
2. 재고품 또는 고정자산에 대한 간주공급세액 발생
사업자가 폐업할 때 보유 중인 재고품, 원재료, 고정자산(예: 기계, 비품 등)은 사업자 본인이 소비한 것으로 간주된다. 이에 따라 간주공급에 따른 부가세 납부 의무가 생긴다.
예를 들어, 냉장고, 테이블, 전기오븐 등을 남겨두고 폐업하는 경우 해당 자산의 남은 가치에 대해 자체 소비로 간주되어 부가세를 내야 할 수도 있다.
간주공급세액 계산 예시
- 장부가 500만 원인 냉장고의 잔존가치가 100만 원일 경우
- 간주공급 부가세: 100만 원 × 10% = 10만 원
3. 정부지원금 및 폐업지원금 신청 시 거절 가능성
2025년 현재 소상공인을 위한 다양한 정부지원금(예: 재기지원금, 재도전창업자금)은 폐업 여부를 확인할 때 사업자등록 상태를 기준으로 판단한다. 부가세는 신고했으나 사업자등록이 살아 있는 경우, “실질 폐업으로 간주하지 않음”이라는 사유로 신청이 거절될 수 있다.
4. 사업자 명의 자동이체, 카드단말기, 포스기 요금 지속 발생
부가세 신고 후 영업을 중단하더라도, 사업자등록이 말소되지 않으면 사업자 명의의 각종 계약이 유지된다. 카드단말기, 인터넷, 포스기, 정수기 등은 계속 요금이 빠져나가며, 일부 렌털 서비스는 위약금 청구까지 이어질 수 있다.
5. 차기 과세기간 중 안내문 발송 및 세무서 소명 요청 가능
부가세 신고 후 폐업하지 않고 무신고 상태가 되면, 다음 과세기간에 국세청으로부터 세무조사 안내문 또는 소명 요청서를 받을 수 있다. 국세청은 의도적인 탈세, 신고 회피 등으로 의심할 수 있고, 이에 대한 소명 책임은 전적으로 납세자에게 있다.
부가세 신고 후 폐업 전 반드시 해야 할 절차
1. 폐업 신고 및 사업자등록 말소
- 홈택스 또는 세무서 방문을 통해 사업자등록 말소 신청
- 말소 완료 후 “폐업 처리 완료” 문자 또는 이메일 수령
2. 간주공급 대상 자산 정리 및 신고
- 고정자산 처분 여부 확인
- 재고품 목록 작성 및 자체 소비 여부 확인
- 필요 시 회계사 또는 세무사 자문
3. 세금계산서 마감 및 전자세금계산서 발행 종료
- 폐업 전 마지막 매출에 대해 전자세금계산서 발행
- 세금계산서 발행일과 폐업일 중복되지 않도록 주의
4. 정부지원금 신청용 서류 사전 준비
- 폐업확인서, 말소 확인서 등 확보
- 세무 정산 완료 후 소상공인시장진흥공단 또는 고용노동부 지원사업 접수
5. 통신, 카드, 기기 등 부가 서비스 해지
- 사업자 명의 자동이체 정지
- 카드단말기 렌탈 계약 해지
- 포스기 반납 요청
실제 폐업자 인터뷰 요약
경기도 의정부에서 의류소매점을 운영하던 이 대표는 2024년 12월 말 부가세 신고를 마친 후, 1월 중순 영업을 종료했다. 그는 “신고는 했고, 매출도 없으니 아무 일 없을 거라고 생각했다”라고 했다. 하지만 7월 정기 신고 시점에 세무서에서 미신고 통보를 받았고, 재고품 처리 관련 간주공급 부가세 50만 원과 무신고 가산세까지 더해 총 80만 원을 납부하게 됐다. 그는 “단순히 신고한 것으로 끝나는 게 아니라 폐업 처리와 자산 신고까지 함께 해야 한다는 사실을 몰랐던 것이 큰 실수였다”라고 밝혔다.
마무리: 부가세 신고 후에도 할 일은 많다
폐업을 결정하고 부가세까지 신고했다면 절반은 끝낸 셈이다. 그러나 나머지 절반인 사업자등록 말소, 자산 정리, 정부지원 준비를 하지 않으면 생각보다 큰 세금 부담이나 행정 리스크가 따라올 수 있다.
부가세 신고는 세금 정산의 일부일 뿐, 폐업의 마무리가 아니다. 폐업을 준비하는 소상공인이라면 반드시 이 과정을 종합적으로 검토하고, 필요시 전문가 자문을 통해 불이익 없는 깔끔한 사업 종료를 목표로 해야 한다. 이는 새로운 시작을 위한 기반이기도 하다.