2025년 현재, 자영업자와 소상공인의 폐업이 꾸준히 증가하고 있다.
치솟는 인건비, 원자재 가격 상승, 소비 위축 등이 복합적으로 작용하면서 하루에도 수백 건의 폐업 신고가 이루어진다.
하지만 폐업은 단지 사업을 종료하는 행정 절차로 끝나는 것이 아니다.
사업을 마무리하는 과정에서 세무조사 리스크를 제대로 관리하지 않으면,
폐업 이후에도 세금 추징, 가산세 부과, 압류 조치 등 예상치 못한 불이익을 받을 수 있다.
특히 최근 국세청은 폐업 직전 또는 직후 사업자에 대한 세무조사 비율을 높이는 추세이며,
세금 회피 가능성이나 고의적 부정행위를 중점적으로 살피고 있다.
이 글에서는 폐업 신고 전 소상공인이 반드시 알아야 할 세무조사 리스크의 주요 내용과 예방 전략,
그리고 2025년 기준 국세청이 집중하는 조사 항목을 실제 사례와 함께 구체적으로 정리한다.
폐업자에 대한 세무조사는 왜 늘어나고 있는가?
2025년 국세청 운영 기준에 따르면, 폐업자는 ‘세무사각지대’로 여겨지기 쉽다.
사업을 종료하면 납세 의무가 사라지는 것이 아니기 때문에,
사업 말기 매출 누락, 고의적 손익 조작, 자산 은닉 등 세원 회피 가능성을 막기 위해
국세청은 폐업자에 대해 선별적 세무조사를 시행하고 있다.
특히 다음과 같은 유형은 조사 대상에 우선적으로 포함될 가능성이 높다.
- 현금 거래 비율이 높은 업종
- 폐업 직전 고액의 매출 감소
- 단기간 내 대량 매입 또는 재고 처리
- 세무 신고 누락 또는 불성실 신고 이력
- 가공세금계산서 수취 및 매입의심 업체와 거래 이력
세무조사 없이 폐업이 가능할까?
원칙적으로 폐업 신고 자체는 세무조사와 무관하게 가능하다.
그러나 폐업 신고 후에도 최대 5년간의 세무자료는 국세청이 검토 가능하며,
신고 누락이나 세금 회피 정황이 발견되면 조사에 착수할 수 있다.
특히 부가가치세 확정신고 및 종합소득세 신고 이후,
폐업 신고 자료를 바탕으로 이상 거래 여부가 분석되기 때문에,
‘일단 폐업하고 나면 끝’이라는 생각은 매우 위험하다.
폐업 전 확인해야 할 주요 세무 리스크 항목
1. 폐업 전 매출 누락 및 현금거래 누락
현금 위주의 영업장에서 카드 매출은 신고하고 현금은 누락하는 관행이 일부 존재한다.
그러나 국세청은 현금영수증 발급 비율, 매입 대비 매출 분석 등을 통해
이상 징후를 포착할 수 있다.
대응 방법
- 폐업 전 1년간의 매출을 POS 및 전표 기반으로 정리
- 현금 매출이 있는 경우에도 매일 장부에 기재해 증빙 확보
- 통장 거래내역과 POS 매출이 일치하는지 검토
2. 가공세금계산서 수취 이력
2025년 국세청은 세금계산서 전산 연계시스템을 통해
가공거래 의심 업체와의 거래를 실시간으로 파악하고 있다.
폐업 전에 허위 세금계산서를 수취하거나, 매입과 매출 간 불균형이 클 경우,
세무조사로 이어질 수 있다.
대응 방법
- 거래처 사업자등록 상태 확인 (홈택스 → 사업자 상태조회)
- 세금계산서 발행 전 실물거래 유무 기록 확보
- 허위 거래 발생 시 스스로 수정세금계산서 발행 요청
3. 재고자산 정리 관련 간주공급세액 누락
폐업 시점에 재고가 남아 있다면, 이는 대표자가 소비한 것으로 간주되어
간주공급에 따른 부가세 납부 의무가 발생한다.
이를 누락하거나 의도적으로 재고량을 줄여 신고하는 경우 세무조사로 이어질 수 있다.
대응 방법
- 실제 재고 내역을 표로 작성하고, 처분계획 수립
- 폐업 직전 일괄 판매 또는 폐기 시 증빙자료(매입명세서, 사진, 거래명세서) 보관
- 폐업 신고서에 재고자산 명세 첨부 권장
4. 고정자산 양도 누락
폐업 과정에서 장비, 기기, 가구 등의 고정자산을 타인에게 양도할 경우,
해당 양도금액에 대한 부가세 및 소득세 신고 의무가 발생한다.
이를 누락할 경우 조사 시 문제가 된다.
대응 방법
- 폐업 직전 자산 처분 시 간이영수증 또는 계좌입금 내역 보관
- 장부에 기재되어 있는 고정자산 목록을 기준으로 처분 내역 정리
- 사업용 자산을 대표자 개인이 사용할 경우에도 간주양도 신고 필요
5. 임대소득 미신고
점포를 임차한 경우, 임대인과의 월세 거래가 현금으로 이루어진 경우가 많다.
국세청은 점포 임대자료를 별도로 보유하고 있으며,
폐업 사업자의 지출자료 분석을 통해 임대인의 미신고 여부도 함께 확인한다.
대응 방법
- 임대계약서, 영수증, 계좌이체 내역 등 월세 지출 증빙 확보
- 간이계약서 또는 임대인 개인 명의 계좌 사용 시 상세한 입금 내역 저장
- 폐업 시 임대차 해지일과 마지막 월세 납부일 명확히 기록
폐업 후 세무조사 실제사례
사례 1: 폐업 직후 재조사로 부가세 추징
서울 구로구에서 인테리어 자재점을 운영하던 이 대표는
2024년 12월에 폐업신고를 마쳤다.
하지만 2025년 3월 국세청으로부터 부가세 신고 누락 및 재고 간주공급 누락에 따른 세무조사 통지를 받았다.
조사 결과, 남아 있던 재고 3천만 원 상당이 누락됐으며
현금거래분도 전자세금계산서 없이 현금으로 처리한 점이 확인되어
총 540만 원의 부가세 및 가산세를 추가 납부하게 되었다.
사례 2: 거래처 가공계산서로 연쇄조사
경기 부천에서 중고차 부품점을 운영하던 A 대표는
2025년 2월 폐업 신고 후에도 세무조사 대상에 포함되었다.
이유는 거래처 중 한 곳이 가공 세금계산서 발행 업체로 적발되었기 때문이었다.
연쇄 조사 결과, A 대표도 해당 거래를 인정받지 못해
거짓 세금계산서 수취에 따른 가산세 30% 포함, 약 270만 원의 세금 추징을 받았다.
세무조사 예방을 위한 폐업 전 체크리스트
항목 점검사항
매출 정산 | 현금 및 카드매출 일치 여부, POS 정리 |
매입자료 정리 | 세금계산서 진위 여부, 거래처 상태 확인 |
재고관리 | 재고자산 실물 목록 작성 및 간주공급세액 신고 |
자산처분 | 고정자산 매각 여부 및 금액 증빙 |
부가세 신고 | 마지막 부가세 예정 또는 확정신고 마무리 |
소득세 정리 | 사업소득 마감 및 경비 정산 완료 |
계약 종료 | 임대계약, 통신, 렌털 계약 정산 여부 |
마무리: 폐업 전 정리정돈이 세무조사 리스크를 줄인다
폐업은 단순히 사업의 종료가 아니라 모든 세무 관계를 정리하는 마무리 작업이다.
세무조사 리스크는 폐업이 아닌, 그 전 과정에서의 실수와 누락으로부터 발생한다.
2025년 기준으로 국세청은 전산 기반 자료 연계를 통해
사업자의 신고 내용, 거래 이력, POS 자료, 재무 흐름을 종합적으로 검토할 수 있다.
따라서 폐업 전 다음 사항을 반드시 점검해야 한다.
- 매출·매입 자료 정리가 되어 있는가
- 재고 자산과 고정자산이 정리되었는가
- 세금 신고에 허위 또는 누락은 없는가
- 계약 종료와 비용 정산이 정리되었는가
이러한 기본적인 사전 점검만으로도
불필요한 세무조사를 피할 수 있으며,
폐업 이후 마음 편한 정리를 할 수 있는 조건이 만들어진다.
폐업은 끝이 아니라, 새로운 시작이다.
그 시작을 망치지 않기 위해
세무 리스크를 폐업 전에 반드시 점검하자.